Coefficient de consanguinité chez l’alpaga : explication simple et calculateur

Calculer le coefficient de consanguinité

Saisissez le mâle et la femelle que vous souhaitez accoupler, ainsi que leurs parents et grands-parents, dans la mesure où vous les connaissez. Le calculateur recherche les animaux présents des deux côtés et en déduit le coefficient de consanguinité du cria prévu. Les exemples vous permettent de tester l’effet des parentés typiques.

Comment le calculateur classe le résultat

Il n’existe pas de seuil officiel pour les alpagas. Les niveaux du calculateur s’appuient donc sur des degrés de parenté connus et servent de repère, pas de règle.

• Aucun ancêtre commun repéré : dans les générations saisies, aucun animal n’apparaît des deux côtés. Cela ne veut pas dire que le mâle et la femelle ne sont certainement pas apparentés.
• Faible : moins de 6,25 %, donc en dessous de la valeur d’un accouplement entre cousins germains. Les ancêtres communs sont plus lointains.
• Marqué : de 6,25 % à moins de 12,5 %. Cela correspond au moins à un accouplement entre cousins germains.
• Élevé : à partir de 12,5 %, donc au moins au niveau d’un accouplement entre demi-frères et sœurs. Les pleins frères et sœurs et les accouplements parent-descendant atteignent 25 %.

Ce qu’indique le coefficient de consanguinité

Chaque cria hérite de deux copies de chaque gène, l’une du père et l’autre de la mère. Si le père et la mère sont apparentés, les deux copies peuvent remonter au même gène d’un ancêtre commun. Les généticiens parlent alors de copies identiques par descendance. Le coefficient de consanguinité F indique la probabilité que ce soit le cas à un locus donné. Il a été introduit en 1922 par le généticien américain Sewall Wright.

Un cria avec F = 25 % est donc, en moyenne, homozygote pour une copie issue d’un ancêtre commun sur un quart de ses loci. Un cria issu de deux parents non apparentés a F = 0 %.

Une valeur relative au pedigree connu

Le coefficient de consanguinité se rapporte toujours aux animaux qui figurent dans le pedigree. Un animal placé tout en haut, sans parents saisis, est considéré dans le calcul comme non apparenté et non consanguin. Une valeur de 0 % signifie donc qu’il n’y a pas d’ancêtre commun dans le pedigree connu. Plus loin en arrière, il peut tout de même y en avoir un.

Valeurs typiques

Les valeurs suivantes s’appliquent lorsque les ancêtres communs ne sont pas eux-mêmes consanguins. Vous pouvez les retrouver dans le calculateur avec les exemples.

Le calcul selon la formule de Wright

Pour le calcul, on cherche tous les chemins qui mènent du père à la mère en passant par un ancêtre commun. Chaque chemin apporte une part du résultat :

F = Σ (1/2)^(n1 + n2 + 1) × (1 + F_A)

Ici, n1 est le nombre de générations entre le père et l’ancêtre commun, n2 le nombre de générations entre la mère et ce même ancêtre, et F_A le coefficient de consanguinité de l’ancêtre lui-même. Le signe somme Σ signifie que l’on additionne les contributions de tous les chemins.

Exemple : demi-frère et demi-sœur

Le mâle Cosmo et la femelle Luna ont le même père, Apollo. De Cosmo à Apollo, il y a une génération, de Luna à Apollo aussi. Avec n1 = 1 et n2 = 1, on obtient (1/2)^3 = 1/8, soit 12,5 %. Chez des pleins frères et sœurs, un deuxième chemin passe par la mère commune, et les deux contributions donnent ensemble 25 %.

Quand l’ancêtre commun est lui-même consanguin

Si Apollo est lui-même consanguin, ses deux propres copies ont déjà une certaine probabilité d’être identiques par descendance. Les copies qu’il transmet à deux descendants concordent alors même s’il leur transmet des copies différentes. Le facteur (1 + F_A) en tient compte. Un exemple tiré d’une fiche technique de l’Oklahoma State University : un père dont le coefficient de consanguinité est lui-même de 25 % est accouplé avec sa fille. Au lieu de 25 %, on obtient pour le veau (1/2)^2 × 1,25 = 31,25 %. Le calculateur en tient compte, dans la mesure où les parents de l’ancêtre figurent dans le pedigree.

Un chemin ne passe jamais deux fois par le même animal

Un chemin ne compte que s’il ne contient aucun animal deux fois, l’ancêtre commun mis à part. Chez des pleins frères et sœurs, par exemple, les grands-parents sont eux aussi des ancêtres communs. Mais leurs chemins passent par le père ou la mère des frères et sœurs et sont donc déjà comptés. À la main, cela devient vite confus dans les grands pedigrees. Le calculateur utilise pour cela la matrice de parenté (méthode tabulaire) et détaille les contributions de chaque ancêtre selon la méthode des chemins. Les deux méthodes aboutissent au même résultat.

Pourquoi la consanguinité compte en élevage d’alpagas

La consanguinité ne crée pas de nouvelles tares héréditaires. Mais elle fait en sorte que des caractères récessifs, portés sans qu’on le remarque, se retrouvent plus souvent en double et deviennent alors visibles. La fiche technique de l’Oklahoma State University le décrit à l’exemple des bovins. Elle présente les conséquences comme bien établies pour toutes les grandes espèces d’animaux de rente.

La baisse de performance due à la consanguinité s’appelle la dépression de consanguinité. Une analyse de 154 études portant sur sept espèces d’animaux de rente, publiées entre 1990 et 2020, a montré ceci : pour chaque point de pourcentage de consanguinité d’après le pedigree, un caractère baissait en moyenne (médiane) de 0,13 % de sa valeur moyenne. Tous les types de caractères étaient concernés, la fertilité et la survie tout comme la production et la morphologie. Pour les alpagas eux-mêmes, il existe encore peu d’études sur ce point. Rien ne laisse penser qu’ils fassent exception.

La situation en Europe

Une étude génomique publiée en 2026 sur 179 alpagas d’Allemagne, d’Autriche et de Suisse a mis en évidence une diversité génétique comparable à celle des alpagas du Pérou. Les auteurs en concluent que les éleveurs des deux régions préservent bien cette diversité. Pour la population dans son ensemble, c’est une bonne nouvelle. Pour votre prochain accouplement, cela dit peu de chose. Si le mâle et la femelle sont apparentés, c’est leur pedigree qui le montre.

Et certains noms y reviennent sans cesse. Des mâles reproducteurs connus sont utilisés par de nombreux élevages, leurs descendants sont vendus et se retrouvent quelques générations plus tard dans une autre ferme. Si vous choisissez un mâle uniquement sur la fibre et la morphologie, vous ne le voyez pas.

Combien de générations le pedigree doit compter

Tous les ancêtres qui ne sont pas saisis comptent dans le calcul comme non apparentés. S’ils manquent, le coefficient de consanguinité est sous-estimé. Un travail sur l’évaluation génétique des bovins laitiers le signalait déjà en 1992. Une étude portant sur plus de 12 000 alpagas d’un élevage péruvien le montre clairement : le coefficient de consanguinité moyen était de 0,165 %, mais les grands-parents n’étaient connus que pour 25 à 43 % des animaux. Les auteurs jugent la profondeur des pedigrees elle-même peu fiable.

La contribution d’un ancêtre commun dépend de son éloignement. S’il figure parmi les grands-parents du père comme de la mère, elle est de 3,125 %. Une génération plus loin, parmi les arrière-grands-parents des parents, elle n’est plus que de 0,78 %, et une génération de plus en arrière, d’environ 0,2 %. Pris isolément, c’est peu. Mais si le même mâle apparaît dans plusieurs lignées, les contributions s’additionnent.

En pratique, cela signifie qu’avec trois générations au-dessus du cria, vous repérez de façon fiable une parenté étroite. Si vous connaissez la quatrième génération, saisissez-la : le calculateur a une case à cocher pour cela. Et plus il y a d’animaux inconnus dans votre pedigree, plus vous devez lire un résultat bas avec prudence.

Éviter la consanguinité en pratique

Dans un élevage, on évite rarement toute parenté. Vous pouvez en revanche faire en sorte de la connaître avant que le cria ne soit en route.

Vérifier l’accouplement prévu à l’avance

Calculez le coefficient de consanguinité avant de conduire la femelle au mâle, et pas seulement à la naissance. Les accouplements entre pleins frères et sœurs, entre demi-frères et sœurs et entre parents et descendants sont la forme la plus étroite de consanguinité. La fiche technique de l’Oklahoma déconseille d’accoupler entre eux des frères et sœurs ou des parents avec leurs descendants.

Choisir le mâle reproducteur en connaissance de cause

Demandez au propriétaire d’un mâle extérieur le pedigree de son animal, de préférence sur plusieurs générations. Comparez-le avec les lignées de vos femelles. Un mâle qui convient à vos femelles n’est pas forcément celui qui a gagné le dernier concours.

Documenter proprement les lignées

Notez le père et la mère de chaque animal, y compris pour les animaux achetés et les mâles reproducteurs extérieurs. Conservez les certificats d’origine et saisissez-les tant que les documents sont disponibles. Ce qui manque aujourd’hui ne peut souvent plus être complété dans quelques années.

Le coefficient de consanguinité dans ALPAKA.PRO

Le calculateur de cette page vérifie un accouplement. Dans le logiciel d’élevage d’ALPAKA.PRO, vous voyez pour chaque accouplement prévu le coefficient de consanguinité et la parenté en pourcentage avec le lien de parenté, calculés à partir des pedigrees de vos animaux. Le logiciel affiche les ancêtres communs sur plusieurs générations, et des propositions d’accouplement avec feu tricolore vous montrent quels mâles conviennent à une femelle. Vous créez des pedigrees sur plusieurs générations, y compris avec des animaux extérieurs à votre troupeau, et les exportez en PDF ou en image pour les acheteurs et les associations.

Si vos pedigrees se trouvent déjà dans Excel ou dans un autre programme, inutile de les ressaisir. Vous nous envoyez le fichier, et nous importons les animaux, les pedigrees et les données de santé, le plus souvent en une journée et gratuitement, même pendant l’essai. Le déroulement est décrit sur la page d’accueil, à la rubrique Import des données.